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Die Hauptaufgaben des Landwirtschaftsamts bestehen im Vollzug der agrarpolitischen Massnahmen. Das Landwirtschaftsamt setzt das kantonale Vernetzungs- und das Landschaftsqualitätsprojekt um. Ausserdem sind dem Landwirtschaftsamt die landwirtschaftliche Beratung, die Alpwirtschaft, die Fachstelle Natur- und Landschaftsschutz, der Pflanzenschutz, der Obst- und Rebbau sowie das Thema Viehwirtschaft angegliedert.

Der Kanton Appenzell Innerrhoden unterstützt finanziell verschiedene biodiversitätsfördernde Projekte im Kanton. Sensibilisierungsprojekte fördern in der Bevölkerung das Verständnis für die Bedeutung der Biodiversität. Artenvielfalt-Monitorings liefern Daten über den Zustand der Biodiversität in der Region. Konkrete Massnahmen zum Lebensraumschutz und zur Artenförderung tragen dazu bei, dass die Biodiversität gestärkt wird. Die kantonale Agrarpolitik unterstützt Bestrebungen, die Biodiversität zu erhalten und fördert ökologische Leistungen der Landwirtinnen und Landwirte.